User Tools

Site Tools


wiki:documentation:strains

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
wiki:documentation:strains [2019/12/04 15:38]
jliu [Table]
wiki:documentation:strains [2019/12/04 15:53] (current)
jliu [Table]
Line 31: Line 31:
 ===== Backup database ===== ===== Backup database =====
  
-| Documentation #  ^ Strain Name  ^ (geno) Type                                                                           ^ Description ​                                                                            ​^ Location ​ ^ Source ​                  ^ Notes                                                                                                                                                              ^ +| Documentation #  ^ Strain Name  ^ (geno) Type                                                                           ^ Description ​                                                                                                       ^ Location ​ ^ Source ​                  ^ Notes                                                                                                                                                              ^ 
-| -1               | CB4856 ​      | Hawaiian isolate of C. elegans ​                                                       |                                                                                         ​|           | Grosshans (FMI), HW2675 ​ |                                                                                                                                                                    | +| -1               | CB4856 ​      | Hawaiian isolate of C. elegans ​                                                       |                                                                                                                    |           | Grosshans (FMI), HW2675 ​ |                                                                                                                                                                    | 
-| 0                | N2           | wt                                                                                    |                                                                                         ​|           | Grosshans (FMI)          |                                                                                                                                                                    | +| 0                | N2           | wt                                                                                    |                                                                                                                    |           | Grosshans (FMI)          |                                                                                                                                                                    | 
-| 1                | MT17641 ​     | nIs264[gcy-10 prom ::​4xNLS::​gfp,​ lin-15(+)]; lin-15(n765) ​                            | I1 marker, backcrossed 3x                                                               ​|           | Horvitz (MIT)            | I1, AWC, AWB expression ​                                                                                                                                           | +| 1                | MT17641 ​     | nIs264[gcy-10 prom ::​4xNLS::​gfp,​ lin-15(+)]; lin-15(n765) ​                            | I1 marker, backcrossed 3x                                                                                          |           | Horvitz (MIT)            | I1, AWC, AWB expression ​                                                                                                                                           | 
-| 2                | MT17912 ​     | nIs282[gcy-10 prom ::​4xNLS::​gfp,​ lin-15(+)]; lin-15(n765) ​                            | on Chromosome I, backcrossed 3 times to N2                                              |           | Horvitz (MIT)            | I1, AWC, AWB expression ​                                                                                                                                           | +| 2                | MT17912 ​     | nIs282[gcy-10 prom ::​4xNLS::​gfp,​ lin-15(+)]; lin-15(n765) ​                            | on Chromosome I, backcrossed 3 times to N2                                                                         ​|           | Horvitz (MIT)            | I1, AWC, AWB expression ​                                                                                                                                           | 
-| 3                | MT21198 ​     | nEx1997[gpa-16 prom ::gfp; unc-54 prom ::rfp] (now gcy-10 is odr-1) ​                  | ??? paper says gpa-16 promoter but datasheet says gcy-10 ​                               |           | Horvitz (MIT)            | maintain by picking non-muv ​                                                                                                                                       | +| 3                | MT21198 ​     | nEx1997[gpa-16 prom ::gfp; unc-54 prom ::rfp] (now gcy-10 is odr-1) ​                  | ??? paper says gpa-16 promoter but datasheet says gcy-10 ​                                                          ​|           | Horvitz (MIT)            | maintain by picking non-muv ​                                                                                                                                       | 
-| 4                | MT21419 ​     | nIs560[gcy-10 prom ::​enphr3::​yfp;​ lin-15(+)]; lin-15(n765) ​                           | YFP in AWC/I1 (faint) ​                                                                  ​|           | Horvitz (MIT)            | Halorhodopsin in I1                                                                                                                                                | +| 4                | MT21419 ​     | nIs560[gcy-10 prom ::​enphr3::​yfp;​ lin-15(+)]; lin-15(n765) ​                           | YFP in AWC/I1 (faint) ​                                                                                             |           | Horvitz (MIT)            | Halorhodopsin in I1                                                                                                                                                | 
-| 5                | MT23561 ​     | nIs552[gcy-10 prom ::​chr2::​yfp;​ lin-15(+)]; lite-1(ce314) gur-3(ok2245) lin-15(n765) ​ | ChR in I1, AWC, AWB                                                                     ​|           | Horvitz (MIT)            | used by Nikhil in paper                                                                                                                                            | +| 5                | MT23561 ​     | nIs552[gcy-10 prom ::​chr2::​yfp;​ lin-15(+)]; lite-1(ce314) gur-3(ok2245) lin-15(n765) ​ | ChR in I1, AWC, AWB                                                                                                |           | Horvitz (MIT)            | used by Nikhil in paper                                                                                                                                            | 
-| 6                | NL2334 ​      | pkIs1273[gpa-16 prom ::​gfp] ​                                                          | GFP in gpa-16 ​                                                                          ​|           | Horvitz (MIT)            | super faint GFP in RIP                                                                                                                                             | +| 6                | NL2334 ​      | pkIs1273[gpa-16 prom ::​gfp] ​                                                          | GFP in gpa-16 ​                                                                                                     |           | Horvitz (MIT)            | super faint GFP in RIP                                                                                                                                             | 
-| 7                | ZW284        | zwEx104 [inx-4p::​GFP + lin-15(+)] ​                                                    | GFP in ADA, ADE, AIN, AUA,​\\ ​  AVJ, DVC, FLP, PHA, PHB, PVR, PVT, RIC, RIG, RIM, RIP\\  |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | +| 7                | ZW284        | zwEx104 [inx-4p::​GFP + lin-15(+)] ​                                                    | GFP in ADA, ADE, AIN, AUA,​\\ ​  AVJ, DVC, FLP, PHA, PHB, PVR, PVT, RIC, RIG, RIM, RIP\\                             ​|           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
-| 8                | BC11358 ​     | pdfr-1::gfp (sIs10334 [rCesC13B9.4::​GFP + pCeh361]) ​                                  ​| ​                                                                                        ​|           | Horvitz (MIT)            |                                                                                                                                                                    | +| 8                | BC11358 ​     | pdfr-1::gfp (sIs10334 [rCesC13B9.4::​GFP + pCeh361]) ​                                  ​| ​                                                                                                                   |           | Horvitz (MIT)            |                                                                                                                                                                    | 
-| 9                | AML281 ​      | unc-31 (DA509; AML32) ​                                                                ​| ​                                                                                        ​|           ​| ​                         | unc on food, whole-brain strain ​                                                                                                                                   | +| 9                | AML281 ​      | unc-31 (DA509; AML32) ​                                                                ​| ​                                                                                                                   |           ​| ​                         | unc on food, whole-brain strain ​                                                                                                                                   | 
-| 10               | AML282 ​      | unc-31 (MT2940; AML32) ​                                                               |                                                                                         ​|           ​| ​                         | unc on food, whole-brain strain ​                                                                                                                                   | +| 10               | AML282 ​      | unc-31 (MT2940; AML32) ​                                                               |                                                                                                                    |           ​| ​                         | unc on food, whole-brain strain ​                                                                                                                                   | 
-| 11               | PS5647 ​      | unc-119(ed4) III; him-5(e1490) V; syIs202. ​                                           |                                                                                         ​|           ​| ​                         | syIs202 [vang-1::​YFP + myo-2::​DsRed + unc-119(+)];​ outcrossing suggests array is integrated in LG V. Reference: Green JL, et al. Cell. 2008 Aug 22;​134(4):​646-56. ​ | +| 11               | PS5647 ​      | unc-119(ed4) III; him-5(e1490) V; syIs202. ​                                           |                                                                                                                    |           ​| ​                         | syIs202 [vang-1::​YFP + myo-2::​DsRed + unc-119(+)];​ outcrossing suggests array is integrated in LG V. Reference: Green JL, et al. Cell. 2008 Aug 22;​134(4):​646-56. ​ | 
-| 12               | AML283 ​      | wtfIs256 [myo-2::​mCherry] ​                                                            | mCherry in Pharynx, outcrossed 6x                                                       ​|           ​| ​                         |                                                                                                                                                                    | +| 12               | AML283 ​      | wtfIs256 [myo-2::​mCherry] ​                                                            | mCherry in Pharynx, outcrossed 6x                                                                                  |           ​| ​                         |                                                                                                                                                                    | 
-| 13               | AML284 ​      | wtfIs257 [myo-2::​mCherry] ​                                                            | mCherry in Pharynx, outcrossed 6x                                                       ​|           ​| ​                         |                                                                                                                                                                    | +| 13               | AML284 ​      | wtfIs257 [myo-2::​mCherry] ​                                                            | mCherry in Pharynx, outcrossed 6x                                                                                  |           ​| ​                         |                                                                                                                                                                    | 
-| 14               | AML327 ​      | pha-1(e2123)III;​ wtfEx275 [j20-ehs-1-"​62bps"::​his-24::​tagBFP::​unc-54 + pBX]           | ehs-1 is supposed to be pan-pharyngel neural expression ​                                ​|           ​| ​                         | expression only in larvae ​                                                                                                                                         | +| 14               | AML327 ​      | pha-1(e2123)III;​ wtfEx275 [j20-ehs-1-"​62bps"::​his-24::​tagBFP::​unc-54 + pBX]           | ehs-1 is supposed to be pan-pharyngel neural expression ​                                                           |           ​| ​                         | expression only in larvae ​                                                                                                                                         | 
-| 15               | AML328 ​      | pha-1(e2123)III;​ wtfEx276 [j20-ehs-1-"​62bps"::​his-24::​tagBFP::​unc-54 + pBX]           | ehs-1 is supposed to be pan-pharyngel neural expression ​                                ​|           ​| ​                         | expression only in larvae ​                                                                                                                                         | +| 15               | AML328 ​      | pha-1(e2123)III;​ wtfEx276 [j20-ehs-1-"​62bps"::​his-24::​tagBFP::​unc-54 + pBX]           | ehs-1 is supposed to be pan-pharyngel neural expression ​                                                           |           ​| ​                         | expression only in larvae ​                                                                                                                                         | 
-| 16               | HW2678 ​      | eat-2(ad1116) ​                                                                        ​| ​                                                                                        ​|           | Grosshans (FMI)          | Benjamin Towbin obtained from the Ciosk Lab and backcrossed twice                                                                                                  | +| 16               | HW2678 ​      | eat-2(ad1116) ​                                                                        ​| ​                                                                                                                   |           | Grosshans (FMI)          | Benjamin Towbin obtained from the Ciosk Lab and backcrossed twice                                                                                                  | 
-| 17               | HW2679 ​      | eat-2(ad1113) ​                                                                        ​| ​                                                                                        ​|           | Grosshans (FMI)          | Benjamin Towbin obtained from the Ciosk Lab and backcrossed twice                                                                                                  | +| 17               | HW2679 ​      | eat-2(ad1113) ​                                                                        ​| ​                                                                                                                   |           | Grosshans (FMI)          | Benjamin Towbin obtained from the Ciosk Lab and backcrossed twice                                                                                                  | 
-| 18               ​| ​             |                                                                                       ​| ​                                                                                        ​|           ​| ​                         |                                                                                                                                                                    | +| 18               | AML32        | wtfIs5 [rab-3p::​NLS::​GCaMP6s + rab-3p::​NLS::​tagRFP]. ​                                 | Integrated calcium indicator GCaMP6s and calcium-insensitive fluorescent protein RFP in the nuclei of all neurons ​ |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
-19               |              |                                                                                       ​| ​                                                                                        ​|           ​| ​                         |                                                                                                                                                                    |+| 19               | AML18        | wtfIs3 [rab-3p::​NLS::​GFP + rab-3p::​NLS::​tagRFP]. ​                                     | RFP and GFP expression in the nuclei of all neurons. AML18 acts as a control for the calcium imaging strain AML14  |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
 +| 20               | CB101        | unc-9(e101) X                                                                         ​| ​                                                                                                                   |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
 +| 21               | CB187        | rol-6(e187) II                                                                        |                                                                                                                    |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
 +| 22               | CB1128 ​      | che-7(e1128) V                                                                        |                                                                                                                    |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
 +| 23               | CZ23281 ​     | juEx7105 [mec-4p::​PH::​miniSOG(Q103L) + mec-4p::​mCherry + ttx-3::​RFP] ​                 | Pick RFP+ to maintain ​                                                                                             |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
 +| 24               | DA509        | unc-31(e928) IV                                                                       ​| ​                                                                                                                   |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
 +| 25               | MT2940 ​      | unc-31(n1304) IV                                                                      |                                                                                                                    |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
 +| 26               | MT6308 ​      | eat-4(ky5) III                                                                        |                                                                                                                    |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
 +| 27               | OH15262 ​     | otIs669 V                                                                             ​| ​                                                                                                                   |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
 +| 28               | OH15265 ​     | otIs672 ​                                                                              ​| ​                                                                                                                   |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
 +| 29               | OH15500 ​     | otIs669 V; otIs672 ​                                                                   |                                                                                                                    |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
 +| 30               | OH16230 ​     | otIs670 V; otIs672 ​                                                                   |                                                                                                                    |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
 +| 31               | OH16290 ​     | otIs670 V; wtIs5                                                                      |                                                                                                                    |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
 +| 32               | SD1614 ​      | ccIs4251 I; stIs10447 ​                                                                ​| ​                                                                                                                   |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
 +| 33               | ST2          | ncIs2 [pH20::GFP + pBlueScript] II                                                    | Expresses GFP in nearly all neurons ​                                                                               |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
 +| 34               | TQ1101 ​      | lite-1(xu7) X                                                                         ​| ​                                                                                                                   |           | CGC                      |                                                                                                                                                                    | 
 +|                  ​|              |                                                                                       ​| ​                                                                                                                   |           ​| ​                         |                                                                                                                                                                    | 
 +                 ​| ​             |                                                                                       ​| ​                                                                                                                   |           ​| ​                         |                                                                                                                                                                    | 
 +|                  |              |                                                                                       ​| ​                                                                                                                   |           ​| ​                         |                                                                                                                                                                    | 
 +|                  |              |                                                                                       ​| ​                                                                                                                   |           ​| ​                         |                                                                                                                                                                    | 
 +|                  ​|              |                                                                                       ​| ​                                                                                                                   |           ​| ​                         |                                                                                                                                                                    |
  
wiki/documentation/strains.txt · Last modified: 2019/12/04 15:53 by jliu

Bitnami